W przebiegu stanu zapalnego dochodzi do włóknienia trzustki
i zaniku jej tkanki gruczołowej, a przez to do upośledzenia jej czynności.
Zmniejsza się wydzielanie soku trzustkowego zawierającego enzymy niezbędne do trawienia węglowodanów, białek i lipidów, a także ulega zaburzeniu funkcja endokrynna trzustki – czyli m.in. wydzielanie insuliny – co grozi cukrzycą.